การรถไฟแห่งประเทศไทย ก็ได้วางมาตรการในการรักษาความปลอดภัย ทั้งเส้นทางการเดินรถ และสถานีที่ตั้งอย่างเข้มงวด หลังเกิดเหตุลอบวางระเบิดหน้าสถานีรถไฟจะนะเสียชีวิต 2 คน

โดยเฉพาะที่สถานีรถไฟยะลา มีการเพิ่มกำลังเจ้าหน้าที่ทั้ง ตำรวจรถไฟ อาสาสมัครประจำขบวนรถไฟ และทหารพราน รวมทั้งอาสาสมัคร ประจำอำเภอต่างๆ ที่ขบวนรถไฟผ่าน อย่างใกล้ชิด ตั้งแต่สถานียะลา ไปจนสุดปลายทาง ที่สถานีสุไหงโกลก จังหวัดนราธิวาส และขาขึ้น ไปจนสถานีรถไฟพัทลุง และเส้นทางแยก ไปถึงสถานีรถไฟปาดังเบซาร์ ชายแดนมาเลเซีย ที่ อำเภอสะเดา จังหวัดสงขลา รวมทั้งตรวจสแกนหาอาวุธ และตรวจสอบกระเป๋าสัมภาระ ที่จะเข้าออกบริเวณสถานีอย่างละเอียด